農(nóng)村垃圾治理主體眾多，包括村民、村民自治組織（宗族組織）、自然村、行政村、鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府（街道辦）、縣（區(qū)）政府及垃圾管理部門、農(nóng)業(yè)農(nóng)村局、水務局、工信局等相關(guān)部門、供銷系統(tǒng)、農(nóng)村環(huán)衛(wèi)保潔服務第三方等。需要建立主體共治架構(gòu)，務求簡單、明細和執(zhí)行力強，明確各自的責任與義務，加強縱向與橫向協(xié)同，推進農(nóng)村垃圾治理一體化融合發(fā)展。對于鄉(xiāng)鎮(zhèn)和區(qū)級政府的行政管理而言，宜將管理下沉到自然村而非行政村，但不宜面對每家每戶每個村民，這些主體的工作宜由行政村委、自然村管委和村民自治組織負責。

農(nóng)村垃圾治理可依據(jù)行政村、鄉(xiāng)鎮(zhèn)（街道辦）和區(qū)級政府之間的行政管理運行機制運轉(zhuǎn)，但需要建立健全村民自治組織、自然村管委與行政村和鄉(xiāng)鎮(zhèn)（街道辦）甚至區(qū)級政府之間的運行機制，農(nóng)村垃圾治理一定要發(fā)揮村民自治組織和自然村管委的推行作用。此外，農(nóng)村垃圾治理體系不健全是一大硬傷，不僅要建設(shè)自然村垃圾投放站點、行政村收集與儲存站點、垃圾從自然村到行政村的駁運車輛、易腐有機垃圾就地就近處理設(shè)施等硬件，還要建立健全管理方案，如垃圾從自然村到行政村的收運計劃、人財物的保障方案等。

把農(nóng)村垃圾治理視作農(nóng)村人居環(huán)境治理和農(nóng)村社會治理的一部分，走“凈化+綠化、美化、文化”路線，與污水治理、院落與聚落美化、文化走廊建設(shè)、休閑場所建設(shè)等結(jié)合起來，綜合治理，把垃圾治理設(shè)施建設(shè)成一個景點，如建在休閑場所地下，不僅不造成視角污染，還讓人賞心悅目，增強村民的獲得感、幸福感和參與感，增大農(nóng)村垃圾治理乃至農(nóng)村社會治理的內(nèi)生動力。

首先，要有農(nóng)村垃圾治理的推廣曲線，有序推動農(nóng)村垃圾治理；其次，除了考核參與率、準確率外，還要考核參加與準確分類的人數(shù)（或相對人數(shù)）的增加幅度，動態(tài)考核，這里的“準確率”指的是分出來的某類垃圾占該類垃圾產(chǎn)量的比值，既非分出來的某類垃圾是否含有雜質(zhì)，更不是分出來的某類垃圾占總垃圾產(chǎn)量的比值；另外，要結(jié)合推廣曲線，考核推廣進程，掌握農(nóng)村垃圾治理行進到了什么階段和達到了什么程度；最重要的是農(nóng)村垃圾治理收到了什么成效，一個硬指標就是需要焚燒填埋的人均農(nóng)村垃圾量是否減少了。

農(nóng)村垃圾治理就是要盡可能多地減少人均農(nóng)村垃圾的焚燒填埋量；途徑就是盡可能多地回收快遞與農(nóng)資等包裝物，盡可能多地就地消納易腐有機垃圾（廚余垃圾、養(yǎng)殖廢物），最好做到包裝物應收盡收和易腐有機垃圾不出村。這里實際上建議了農(nóng)村垃圾分為包裝物、易腐有機垃圾和其他垃圾3類，沒有分出的包裝物、易腐有機垃圾混入其他垃圾一起排放；當然，隨著農(nóng)村垃圾治理的推進，可逐步加強農(nóng)業(yè)種養(yǎng)殖垃圾、大件垃圾、建筑垃圾（包括家庭裝修垃圾）、有害垃圾等農(nóng)村垃圾的治理。

制定農(nóng)村垃圾治理工作指引時要寓精神建設(shè)于治理過程之中，救濟鄉(xiāng)村與鄉(xiāng)村自救雙管齊下，考慮村民的消費意愿與承擔能力，“自治”“法治”“德治”三治并舉，促進農(nóng)村產(chǎn)業(yè)發(fā)展，最關(guān)鍵的是要權(quán)衡增值與消費的關(guān)系，面子工程與精打細算的關(guān)系和“止病痛”與“治病根”的關(guān)系。